GAUSSIAN

GAUSSIAN és un programari que prediu les energies, estructures moleculars i freqüències de vibració de sistemes moleculars, junt amb les diverses propietats moleculars que se'n deriven. Permet realitzar càlculs mecano-quàntics d'estructures electròniques tant a nivell ab initio com a nivell semiempíric.

Versions disponibles

g03b2, g03c2, g03d2, g03e1, g09a2, g09b1, g09c1

Utilització

La comanda de crida per executar GAUSSIAN és: comanda_crida [path/]fitxer-dades [path/]fitxer-resultats on comanda_crida depén de la versió que es vulgui utilitzar (g09c1, g03d2, etc...).

Si no s'especifica el fitxer de resultats, aquests aniran a parar al mateix directori que el fitxer de dades. Els fitxers intermedis es creen al directori $TMPDIR, que és l'àrea de treball temporal establerta a cada màquina.

Per tal d'utilitzar qualsevol de les utilitats que proporciona GAUSSIAN (chkchk, formchk, freqchk, cubegen, ...), cal que carreguis el mòdul de la versió corresponent amb la comanda: module load gaussian/versió, on versió és una de les disponibles a la màquina de treball, i es pot consultar amb la comanda: module avail. Per a la seva execució en mode batch pots consultar els exemples que es troben al directori /usr/local/examples.

Consells per treballar eficientment

  1. Algorismes de càlcul: El programa selecciona l'algoritme més eficient, donades les restriccions de memòria i disc imposades. Per a càlculs SCF, el procediment per defecte és SCF=DIRECT.
  2. Gestió de memòria: Per defecte s'utilitza %Mem=6000000. L'especificació d'una quantitat més gran de memòria afavoreix les metodologies que poden treballar amb emmagatzematge d'integrals in-core (HF, MP2, etc.).
  3. Gestió de disc: És molt recomanable que facis servir sempre la keyword : maxdisk. Així, GAUSSIAN tria l'algoritme de càlcul més adient per als recursos disponibles. Això és especialment important per als càlculs post-HF (MP2, CCSD, etc.).

En la gestió de memòria cal tenir en compte:

  • Per a que un treball que demana una determinada memòria s'executi bé, s'ha d'enviar a un node que sigui capaç d'acomodar-la tota en memòria real.
  • Pot ser útil enviar un treball de prova amb 40-80 MW i fixar-se en el comportament de GAUSSIAN. Missatges tipus: "Would need an additional 1809148 words for in-memory AO integral storage DD1Dir will call FoFDir 2 times" o "MxPair= 432 Keep R1 integrals in memory in canonical form, NReq= 8521776" indiquen els requeriments per treure el màxim profit de la memòria sense forçar el sistema.
  • En el cas de treballs paral·lels és necessari augmentar el valor de la memòria que s'indica amb la keyword:  %mem al fitxer de dades. Com a regla general un càlcul paral·lel que usa N processadors necessitarà com a mínim N vegades la memòria del treball seqüencial. Cal tenir en compte que en cas que la memòria sigui insuficient GAUSSIAN disminuirà de forma automàtica el nombre de processadors usats. Quan això passa observaràs al fitxer de sortida missatges del tipus: "PrsmSu: requested number of processors reduced to: 1 ShMem 1 Linda".

Pots trobar més informació al manual de GAUSSIAN09.

Màquina: 
Bull NovaScale (prades)
HP CP4000 (cadi)
SGI Altix UV 1000 (pirineus)
Categoria: 
Química computacional